يعود تاريخ النقل النهري في السودان إلى عصور سحيقة، حيث كان وسيلة أساسية للتواصل والتجارة. في العصر الحديث، بدأت مصلحة البواخر النيلية في مطلع القرن العشرين كجزء من مصلحة سكك حديد السودان، مستخدمة قوة البخار لتسيير السفن. ومع منتصف القرن، تطور النقل النهري ليشمل محركات الديزل التي زادت من كفاءة الأسطول، ووسعت مساراته لتشمل خطوطًا حيوية مثل خط أم درمان - جوبا، وخط كريمة - دنقلا.
بناءً على هذا الإرث العريق، تأسست شركة النيل للنقل النهري المحدودة بتاريخ 23 أبريل 2008، لتبدأ عملها في الأول من يوليو من نفس العام. استمدت الشركة رؤيتها من التاريخ العظيم للنقل النهري، واستثمرت في أسطول نهري حديث يضم 17 جرارًا و75 صندلًا، بهدف تلبية احتياجات النقل المتزايدة في المنطقة والمساهمة في ربط السودان بجنوب السودان.