تنتشر مواقع شركة النيل للنقل النهري في نقاط استراتيجية لخدمة شبكة النقل الأوسع في السودان. تمثل هذه المواقع مراكز حيوية لأعمالنا اللوجستية وتواصلنا مع عملائنا.
رئاسة الشركة - الخرطوم: يقع مقر الشركة الرئيسي في الخرطوم، وهو مركز الإدارة والعمليات الذي يوجه كافة الأنشطة الإدارية للشركة.
ميناء كوستي: يُعد هذا الميناء قلب عملياتنا في ولاية النيل الأبيض، وهو نقطة محورية لخدمات الشحن والمناولة، ومحطة رئيسية للمراجعة والصيانة وتأهيل الجرارات.
ميناء الشجرة: يمثل هذا الميناء، الواقع في ولاية الخرطوم، مركزًا هامًا يحتوي على حوض عائم تتم فيه صيانة البصات النهرية.
ميناء توتي:يمثل هذا الميناء، الواقع في ولاية الخرطوم، مركزًا هامًا للسياحة والترفيه وتتم فيه صيانة البصات النهرية.
ميناء كريمة: كان محطة مهمة لربط شمال السودان هنالك رؤية مستقبلية لربط مناطق كريمة-دنقلا-حلفا.